目前國旅卡檢核系統無法區分並排除公務人員出差所刷之旅宿業及交通費等相關公務費用，公務人員申請休假補助費時，應就申請表內容確認並自負責任(行政院人事行政總處1081227總處培字第1080051325號函參照)。 使用國民旅遊卡消費，同筆消費如以請領休假補助費，不得再重複請領差旅費、辦公費、業務費或其他公款，以免觸犯刑事法律。